PLANS

Descrizione progetto

La strategia PLANS sfrutta l’attività della perossidasi batterica APEX2, capace di produrre radicali di biotina che vanno a biotinilare proteine o RNA presenti nella sua prossima vicinanza ( 20 nm). Esprimendo una proteina di fusione APEX2 con una RBP di proprio interesse, è possibile identificare gli interattori proteici ed i trascritti di RNA legati dalla RBPs direttamente in cellule.
I maggiori vantaggi di questo approccio sono:
1) Identificazione degli interattori senza ricorrerre ad alcuna strategia di crosslinking.
2) Minimizza le artificiali interazioni tra macromolecole biologiche che possono avvenire durante la lisi cellulare
3) Permette di identificare interazioni transienti e di molecole poco espresse.
4) Grazie al long-read nanopore sequencing è possibile caratterizzare i trascritti di RNA nativi, eventualmente caratterizzando sia le isoforme di splicing che le eventuali modifiche post-trascrizionali.

Obiettivi

Identificare gli interattori molecolari delle proteine che legano l’RNA - RNA-binding proteins (RBPs) – in cellule umane vive.

Risultati attesi

Caratterizzazione delle proteine e degli RNA interagenti con le RNA-binding proteins di interesse e nello specifico con le pseudouridine sintasi PUS1, PUS4 e PUS7 in cellule umane.

Personale IRIB coinvolto

Roberto Giambruno, Principal Investigator
Giuseppe Cappelli, Postgraduate Assegno di Ricerca “Programma di ricerca: “PRIN 2022: “PLANS: Proximity Ligation And Nanopore Sequencing for the characterization of native RNA-protein interactions” – CODICE PROGETTO DSB.PN003.025 –finanziato dall’Unione europea- Next Generation EU, Missione 4 Componente 1, CUP B53D23016490001.