Titoli di studio
Data di conseguimento 12/03/2014
Titolo conseguito Dottore di ricerca
Descrizione Molecular Signal Transduction
Voto conseguito pass with distinction
Nome e indirizzo istituzione Medizinische Universität Wien - - Vienna
Data di conseguimento 26/05/2008
Titolo conseguito Laurea specialistica/magistrale
Descrizione Genetica e Biologia Molecolare
Voto conseguito 110/110 cum laude
Titolo della Tesi Role of kinase ATM in the regulation of protein stability
mediated by the protein ligase ITCH
Classe di laurea 6/S Classe delle lauree specialistiche in biologia
Nome e indirizzo istituzione Università degli Studi di ROMA "La Sapienza" - P.zza Aldo
Moro, 5 – ROMA
Data di conseguimento 25/07/2005
Titolo conseguito Laurea triennale
Descrizione Scienze Biologiche
Voto conseguito 110/110 cum laude
Titolo della Tesi Studies of effects COX-independent in the treatment of
epatocarcinoma cells by FANS
Classe di laurea 12 Classe delle lauree in scienze biologiche
Nome e indirizzo istituzione Università degli Studi di PALERMO - P.zza della Marina, 61 Pal.
Steri -PALERMO
Data di conseguimento 16/07/2002
Titolo conseguito Diploma di scuola secondaria superiore
Descrizione Diploma Liceo Scientifico
Voto conseguito 100/100
Nome e indirizzo istituzione Galileo Galilei - via Danimarca 54 90146 Palermo
Tipo istituzione Scuola secondaria di II grado
Esperienze
Periodo 01/02/2022 - oggi
Posizione Ricercatore presso Ente di ricerca
Qualifica Ricercatore
Nome e indirizzo istituzione Consiglio Nazionale delle Ricerche - Piazzale Aldo Moro, 7
Roma
Struttura Istituto di Tecnologie Biomediche (ITB) in assegnazione
temporanea presso Istituto per la Ricerca ed l’Innovazione
Biomedica (IRIB)
Periodo 01/04/2020 - 31/01/2022
Posizione Borsista post-doc
Tipo di attività svolta Post-doctorate research position
Nome e indirizzo istituzione Istituto Italiano di Tecnologia - IIT - Via Morego 30 - Genova
Struttura Istituto Italiano di Tecnologia
Periodo 01/04/2017 - 30/03/2020
Posizione Ricercatore a t.d. presso Ente di ric.
Tipo di attività svolta Ricercatore
Nome e indirizzo istituzione Istituto Europeo di Oncologia (IRCCS) - Via G. Ripamonti, 435
Milano
Periodo 01/10/2016 - 30/03/2017
Posizione Borsista post-doc
Tipo di attività svolta Post-doctorate research position
Nome e indirizzo istituzione Ospedale San Raffaele S.r.l., Istituto di ricovero e cura a
carattere scientifico (OSR) - Via Olgettina 60 - Milano
Periodo 01/10/2014 - 30/09/2016
Posizione Borsista post-doc
Nome e indirizzo istituzione UNISR - Università Vita Salute San Raffaele - Via Olgettina, 58 -
MILANO
Struttura Dip. FACOLTA' DI MEDICINA E CHIRURGIA
Periodo 01/06/2014 - 30/09/2014
Posizione Borsista post-doc
Tipo di attività svolta Post-doctorate research position
Nome e indirizzo istituzione Ospedale San Raffaele S.r.l., Istituto di ricovero e cura a
carattere scientifico (OSR) - Via Olgettina 60 - Milano
Periodo 14/03/2014 - 30/05/2014
Posizione Borsista post-doc
Tipo di attività svolta Post-doctorate research position at CeMM Center for
Molecular Medicine of the Austrian Academy of Sciences,
Vienna, Austria
Nome e indirizzo istituzione Austrian Academy of Sciences
Periodo 01/09/2008 - 12/03/2014
Posizione Dottorando
Tipo di attività svolta PhD student at CeMM - Center for Molecular Medicine of the
Austrian Academy of Sciences, Vienna, Austria
Nome e indirizzo istituzione Medizinische Universität Wien - - Vienna
Periodo 01/06/2008 - 31/07/2008
Posizione Borsista
Tipo di attività svolta Post graduate research fellowship
Nome e indirizzo istituzione IRCCS - FONDAZIONE SANTA LUCIA - Via Ardeatina, 306 - Roma
Periodo 01/12/2006 - 26/05/2008
Posizione Tirocinio o stage
Qualifica Tirocinante o stagista
Tipo di attività svolta Undergraduate student
Nome e indirizzo istituzione IRCCS - FONDAZIONE SANTA LUCIA - Via Ardeatina, 306 - Roma
Periodo 01/09/2005 - 30/11/2006
Posizione Tirocinio o stage
Qualifica Tirocinante o stagista
Tipo di attività svolta Undergraduate student
Nome e indirizzo istituzione Consiglio Nazionale delle Ricerche - Piazzale Aldo Moro, 7
Roma
Struttura Istituto di biologia e patologia molecolari - IBPM
Periodo 10/04/2005 - 24/07/2005
Posizione Tirocinio o stage
Qualifica Tirocinante o stagista
Tipo di attività svolta Undergraduate student
Nome e indirizzo istituzione Consiglio Nazionale delle Ricerche - Piazzale Aldo Moro, 7 -
Roma
Struttura Istituto di Biomedica ed Immunologia Molecolare – IBIM
Premi e riconoscimenti
Premio/riconoscimento SIBBM Travel Grants (2017)
Assegnato da Italian Society of Biophysics and Molecular Biology
Per Travel Grant for the participation to EMBO/EMBL Symposium
Premio/riconoscimento PhD-ITalents (2017)
Assegnato da MIUR, Fondazione CRUI, Confindustria
Per borsa di ricerca
Premio/riconoscimento Premio IIM (2015)
Assegnato da IIM Istituto Interuniversitario di Miologia
Per Best oral presentation
Premio/riconoscimento COFUND - Marie Curie Incoming Fellowship (2014)
Assegnato da European commission - Académie de Louvain
Per borsa di ricerca
Premio/riconoscimento Young Scientist Association (YSA) of the Medical University of
Vienna (2011)
Assegnato da YSA Medical University of Vienna
Per Best oral presentation
Metodologie scientifiche conosciute:
Biologia cellulare. Coltura e crescita di cellule murine, umane e cellule staminali
ematopoietiche; colture e differenziazione di cellule muscolari; trasfezione di linee cellulari;
produzione di vettori virali per l’espressione di proteine esogene in cellule umane; RNA
interference; saggi di immunofluorescenza e di microscopia ottica; tecniche di
sincronizzazione cellulare e analisi cellulari tramite FACS; saggi di luminescena e di
fluorescenza.
Biologia Molecolare e biochimica. Tecniche di clonaggio e di mutagenesi; PCR e real time
PCR; digestioni enzimatiche; elettroforesi degli acidi nucleici e delle proteine; trasformazione
batterica; produzione e purificazione di proteine batteriche; estrazione di acidi nucleici e di
proteine dalle cellule; saggi di purificazione per affinità di acidi nucleici e di proteine;
frazionamenti cellulari; Western Blotting; analisi quantitative di microRNA;
Spettrometria di Massa. Colorazione Coomassie e Silver staining; preparazione di campioni
sia per gel-based che In-liquid proteomics; frazionamento off-line di peptidi;
immunopurificazione di peptidi; analisi di modifiche post-traduzionali di proteine per
proteomica
Next Generation Sequencing. Preparazione di library per il sequenziamento Illumina di
RNA messageri e di microRNA; analisi di qualità e quantifica di acidi nucleici pre-
sequenziamento; analisi di modifiche post-trascrizionali dell’RNA tramite nanopore
direct RNA sequencing.
Bioinformatica. Programmi del pacchetto Office tra cui Word, Excel, Power Point; il pacchetto
Adobe, tra cui Adobe Reader, Adobe Photoshop e Adobe Illustrator; Cytoscape per la
generazione di network di interazione; PyMol per l’analisi delle strutture di proteine;
MaxQuant e Perseus software per l’analisi dei dati di spettrometria di massa di proteomica;
BioRender per la visualizzazione grafica di schemi e modelli; Reactome e DAVID Gene
Ontology per l’analisi funzionale di liste di geni; BioGrid, Intact e String per analisi di
interazioni proteina-proteina; RBPome per l’analisi di interazione proteina-RNA; CraPome per
l’analisi dei dati derivati dalla purificazione per affinità di proteine cellulari.
Insegnamento ed attività editoriale
INSEGNAMENTO Analysis of cellular protein complexes by tandem affinity
purification”. FEBS Practical Course on Protein Interaction
Modules, September 2-9, 2011, School of Medicine, Split,
Croatia
INSEGNAMENTO Supervisione di studenti di dottorato, di laurea magistrale
e laurea triennale
EDITORIA Associate Editor per Frontiers in Molecular Biosciences –
section Protein and RNA Networks
EDITORIA Ad hoc reviewer di numerose riviste indicizzate tra le quali
Frontiers in Molecular Biosciences, STAR Protocols,
Journal of Cell Science, Computational and Structural
Biotechnology Journal, NAR bioinformatics and genomics,
Biology Direct, etc…

My main scientific interest is focused on the identification of RNA-protein and protein-
protein interactions within mammalian cells. These interactions are essential for
maintaining proper cellular homeostasis, and their disruption is linked to numerous human
diseases, including neurodegenerative diseases and cancer. Thanks to the development
of increasingly sensitive RNA-sequencing and Proteomics approaches, it is now possible
to identify most of the interactions occurring in the cell, including transient interactions and
between low abundant molecules. In my group, we use Proximity Ligation technology
based on the activity of specific bacterial-derived enzymes that allow it to mark and purify
both proteins and RNAs present in close proximity (range > 20 nm) to a protein of interest
in living cells. In particular, we are developing specific approaches for identifying RNAs
interacting with various RNA-binding proteins by Nanopore RNA Sequencing.

Main projects:
1) PLANS: Proximity Ligation And Nanopore Sequencing for the
characterization of native RNA-protein interactions.
Progetto finanziato dall’Unione europea- Next Generation EU, Missione 4
Componente 1, CUP B53D23016490001.
2) Alterations of SACSIN RNA-binding properties are connected to the
development of ARSACS.
Progetto finanziato dal Bando Telethon “Seed Grant Fall 2023 ARSACS” in
associazione con la fondazione dei pazienti ARSACS OdV.

Committee member of the Associazione di Biologia Cellulare e del Differenziamento (ABCD)

Il Dott. Paolo Colomba è Primo Ricercatore del Consiglio Nazionale delle Ricerche, in servizio presso l’Istituto per la Ricerca e l’Innovazione Biomedica (IRIB) di Palermo. Dal 2012 è Responsabile del Gruppo di Studio sulla malattia di Anderson-Fabry del Centro di Ricerca e Diagnosi di Malattie da Accumulo Lisosomiale dell’IRIB-CNR.

Nel corso della sua formazione presso l’Università degli Studi di Palermo, ha conseguito la laurea in Scienze Biologiche, indirizzo biomolecolare, il Dottorato di Ricerca in Oncobiologia Sperimentale, la Specializzazione in Patologia Clinica e un Master Universitario di II livello in “Biotecnologie: Ricerca Applicata, Management e Impresa”. È stato docente a contratto dei corsi di “Genetica” e “Biologia” presso la Facoltà di Medicina e di “Biologia applicata e Fisiologia umana” presso la Facoltà di Ingegneria dell’Università di Palermo. È abilitato all’esercizio della professione di Biologo ed è iscritto nell’Albo Professionale dell’Ordine Nazionale dei Biologi.

Ha svolto la sua attività di ricerca negli anni 2000-2010 all’Università di Palermo, principalmente nel campo dell’oncobiologia, e dal 2011 al CNR nell’ambito delle malattie da accumulo lisosomiale. I Progetti di Ricerca in atto riguardano soprattutto lo studio della fisiopatologia dei disordini lisosomiali, le relazioni tra queste patologie e i meccanismi dell’infiammazione, la ricerca e la validazione di biomarcatori per la diagnosi precoce, la prognosi e il monitoraggio della terapia.

È autore di numerose pubblicazioni, prevalentemente sui temi dell’oncologia e delle malattie da accumulo lisosomiale, su riviste scientifiche con comitato di redazione internazionale. È revisore, su invito, per diverse riviste internazionali. È stato relatore o moderatore/discussant in numerosi Convegni Nazionali ed Internazionali ed è stato membro della Faculty in vari Corsi di formazione sul campo per i medici specialisti. È inventore di un brevetto per invenzione industriale “Metodo e kit diagnostico per la sclerosi multipla”.

Responsabile del Gruppo di Studio sulla malattia di Anderson-Fabry del Centro di Ricerca e Diagnosi di Malattie da Accumulo Lisosomiale dell’IRIB-CNR

Studio della fisiopatologia dei disordini lisosomiali e delle relazioni tra queste patologie e i meccanismi dell’infiammazione

Ricerca e validazione di biomarcatori per la diagnosi precoce, la prognosi e il monitoraggio della terapia nelle malattie da accumulo lisosomiale